Rozsáhlé skalní město se zbytky borových porostů je tvořeno nesouměrným hřbetem z kvádrových pískovců teplického souvrství, vyznačujících se velkou skalní členitostí. Zahrnuje dvě na sebe navazující území: na severu Betlémské skály, na jihu a východě vlastní Klokočské skály. Nejnápadnějším útvarem je asi 2 km široká skalní stěna v čele kuesty nad obcí Klokočí, z níž je vyčleněno několik samostatných pískovcových věží. Plošinu rozdělují četné skalnaté rokle. V jižních okrajích je zahlouben Rotštejnský důl se zříceninou hradu Rotštejn z 13. století, osou kuesty prochází Zelený důl s řadou bočních roklí. Ve skalních stěnách vzniklo několik desítek různě velkých pseudokrasových výklenků a jeskyní, jeskyně Postojná patří k největším v Českém ráji. Některé jsou významné i z archeologického hlediska. Zvětráváním a odnosem různě odolných poloh pískovců vznikly skalní hřiby, brány, okna a tunely u Rotštejna a četné mikroformy, např. žlábkové škrapy, voštiny atd. Kolem zlomů, vymezujících ze dvou stran pískovcovou kru skal, dochází často k posunům na vrstevních plochách, zejména u Rotštejna a Klokočí. Vlastní území skal není porušeno zlomy a jeho členitost je dána jen různým stupněm zvětrání.