Jeskyně
Přestože území geoparku není vyhlášenou krasovou oblastí, které jsou výskytem jeskyní zpravidla proslulé, nachází se i zde množství různých jeskynních útvarů, které mají různou velikost a různý původ vzniku. Některé z nich jsou významné i z hlediska archeologie a unikátní v rámci celé České republiky.
Krasové
Jako kras označujeme oblast s podložím tvořeným vodou rozpustnými horninami, v kterých jsou erozní a korozní činností vody vytvořeny podpovrchové dutiny a jeskyně, doprovázené povrchovými krasovými jevy (závrty, kaňony, škrapy apod.)
Pseudokrasové jeskyně
Pseudokrasové jeskyně vznikají erozí, skalním řícením, sesuvy a jinými mechanickými jevy v nevápenatých horninách. Jsou zpravidla podmíněny tektonickou stavbou hornin a jejich odolností vůči zvětrávání.
Mohou dosahovat značných rozměrů a podle způsobu jejich vzniku lze odlišit různé typy, např. jeskyně puklinové, rozsedlinové, blokové, vrstevní, výklenkové apod. V Geoparku Český ráj najdeme řadu jeskyní tohoto typu, např. Postojna, Ludmilina jeskyně, Sklepy a množství menších dutin. V minulosti byly často domovem jeskynních lidí a v sedimentech uvnitř se skrývá archeologicky zajímavý obsah.
Umělé jeskyně
Prázdné prostory v kvádrových pískovcích byly často využívány lidmi jako obydlí, či alespoň jako chlévy a stáje pro domácí zvířectvo.
