Drobný, ale nápadný vrchol Vyskeř, své křídové okolí převyšující asi o 65 metrů, je zbytkem miocénního vulkánku, resp. jeho přívodní drahou obnaženou erozí. Skalky ve vrcholové partii tvoří pikrit, což je v oblasti Českého ráje hornina vzácná a výjimečná. Pikrit je nápadný hojnými velkými vyrostlicemi olivínu (až 7 mm), z nichž některé uzavírají zrnka chromitu. Horniny přívodní dráhy jsou lemovány pyroklastiky, dobře odkrytými v opuštěném lůmku na jihozápadním úpatí. Jsou výrazně fragmentována, což odpovídá prudkému zchlazení při jejich vzniku. Vyskeř je tedy příkladem erupce tufových kuželů v mokřadním až mělce jezerním prostředí. Na vrcholu kopce byla vystavěna empírová kaple, která je známým poutním místem.